Tämän lisäksi Pyrhönen on opiskellut urkuimprovisaatiota Anders Bondemanin johdolla Tukholmassa ja täydentänyt opintojaan Alankomaissa, Italiassa ja Isossa-Britanniassa. Hän on esiintynyt urkurina laajasti eri puolilla Suomea sekä Saksassa, Unkarissa, kaikissa Baltian maissa, Venäjällä, Sveitsissä ja Tanskassa. Hänen ensimmäisen cd-levynsä "Orbis Terrae et Veneris" ilmestyi marraskuussa 2005, toinen "Crisantemi" kesäkuussa 2007 ja uusin "Te Deum" elokuussa 2011.

Tuomas Pyrhönen on aktiivisesti ja ennakkoluulottomasti pyrkinyt laajentamaan muusikkopersoonaansa soittamalla mahdollisimman vaihtelevia ohjelmakokonaisuuksia. Hän on tehnyt urkusovituksia mm. orkesteri- ja pianoteoksista. Myös 1900-luvun musiikki ja aivan uusi musiikki ovat hänelle läheisiä, mutta hän soittaa mielellään myös perusrepertuaaria.

Tuomas Pyrhönen on toiminut ylimmän asteen kirkkomuusikon virassa Joensuun seurakunnassa helmikuusta 2002 lähtien. Hän on aloittanut syksyllä 2010 Sibelius-Akatemian jatkotutkinto-opinnot aiheenaan 1960-2010-lukujen suomalainen urkumusiikki. Näihin opintoihin kuuluvan ensimmäisen konsertin hän soitti menestyksellisesti Helsingin Paavalin kirkossa marraskuussa 2010.